Son muchas, diversas y con proyección mundial, europea o regional las categorías de protección presentes en La Aldea de San Nicolás.

El municipio íntegro forma parte de la Reserva de la Biosfera de Gran Canaria y prácticamente toda su extensión se encuentra dentro de la Red Natura 2000 en las categorías de Zona de Especial Conservación (ZEC) y Zona de Especial Protección para las Aves (ZEPA).

Cabe destacar que la zona núcleo de la Reserva de la Biosfera la componen los macizos de Inagua y Guguy, en menor o mayor medida, ambos dentro de los límites municipales. Y que son muchos e importantes los espacios incluidos en la RED Natura 2000: ZEC Sebadales de Guguy, ZEPA Franja marina Mogán-La Aldea, ZEC y ZEPA Tamadaba, ZEC El Nublo II, ZEC Guguy y ZEC y ZEPA Inagua, Ojeda y Pajonales.

Dentro de la Red Canaria de Espacios Naturales encontramos el Parque Natural de Tamadaba, el Parque Rural del Nublo, la Reserva Natural Integral de Inagua y la Reserva Natural Especial de Guguy.

Además, toda la franja marina del municipio forma parte de un Área de Especial Importancia para la aves marinas (IBA marina).